שלב ב’, שנקרא גם התחרות הארצית, נערך בסביבות חודש פברואר באוניברסיטת תל אביב. לתחרות הארצית מוזמנים כמה מאות תלמידים מתוך אלה שניגשו לשלב א’. גם בשלב זה משתמשים בדף ועט ולא במחשב. השאלות בתחרות הארצית הן אלגוריתמיות. בניגוד לשלב א’, המתחרים אינם נדרשים לכתוב את הפלט המתאים לקלט ספציפי, אלא לכתוב אלגוריתם כללי, יעיל, שפותר את הבעיה החישובית המוצגת בשאלה. בכל שאלה, יש לתאר אלגוריתם באמצעות שפת תכנות לבחירת המתחרה או כאלגוריתם מילולי (פסאודו קוד). בנוסף, יש להסביר במילים את הרעיון מאחורי האלגוריתם. הדגש הוא על אלגוריתמים יעילים הפועלים בסיבוכיות זמן נמוכה ככל האפשר. אלגוריתמים שאינם יעילים יקבלו רק חלק קטן מהנקודות, אם בכלל.
